南京医科大学从1981年开始实行文书材料的部门立卷归档制度；1986年成立综合档案室，隶属于校长办公室；2014年10月进行独立建制，正式成立档案馆，对全校各类档案实行集中统一管理，并承担教育统计报表等主要报表填报工作和学校年鉴编撰工作。

　　档案馆目前在编人员7名，其中4人具有硕士学位，专业涉及档案学、图书馆学、计算机、护理学、卫生事业管理、思想政治教育等，是一支专业结构合理、业务水平扎实的专职档案员队伍。

　　档案馆现位于江宁校区德馨楼C区一楼，总建筑面积约1550平方米，其中库房面积约1200平方米，档案功能用房480平方米。馆藏包括江苏省立医政学院、国立江苏医学院、江苏医学院、南京医学院、南京第一医学院、南京医学院、南京医科大学等主要历史时期的文书档案、科技档案3万多卷，近800延米，全校在职员工、退休人员、附院人事代理等人事档案3000多卷，以及纸质照片、数码照片、电子文件、字画、奖状、礼品、名人等实物档案。

　　学校历来重视档案工作，成立了由校长任主任委员，分管副校长任副主任委员，各归档学院、部门一把手任委员的南京医科大学档案工作委员会，明确了各部门分管档案工作领导和兼职档案员名单，印发了《南京医科大学档案管理办法（试行）》，建立了完备的档案工作网络，45个归档部门均设1-3名兼职档案员从事本部门文件材料的收集、整理和归档工作。

学校注重档案信息资源建设。1985年开始使用微机管理学校档案信息，1997年开始使用档案管理软件，2008年软件升级为网络版，添置专用服务器；2015年购置定制版档案信息化管理平台，实现与学校信息门户的单点登录对接和电子收发文归档，通过权限审核的人员均可经信息门户登陆档案系统查阅、利用档案信息和档案数字化原文，在学校虚拟服务器配套TB级可扩展备份存储空间；2017年购置人事档案数字化配套管理系统，并配套专用TB级可扩展存储。2005年开始归档电子文件和数码照片、视频等，2010年电子文件和照片的部门归档率达到百分之百，2014年启动“南京医科大学档案数字化”项目，到2017年底，库藏档案数字化率将达到100%，2017年又启动“南京医科大学人事档案数字化”项目。

档案馆成立以后，进一步完善档案工作制度建设，健全各门类档案归档机制，加强档案资源开发和档案编研、档案宣传工作。与人事处、后勤管理处、教务处、研究生院、继续教育学院、资产和产业管理处、科学技术处、校长办公室、发展委员会办公室、国际合作与交流处等部门深入沟通合作，全面加强基建档案、学籍卡、设备档案、科研项目档案、实物档案等各门类档案的归档与管理工作，同时制定颁布了《南京医科大学干部人事档案材料收集归档规定》、《南京医科大学基建档案管理办法》、《南京医科大学实物档案收集管理办法（暂行）》。在建立健全各门类档案数据库和全面实现馆藏档案数字化的基础上，着力提高档案信息资源面向主要相关部门和全校的利用效率，同时通过上门征集名人实物档案、制作名人档案汇编、编写学校年鉴和制作电子年鉴、开发档案网站、开发档案馆触摸屏展示系统、开展国际档案日主题活动等方式持续不断做好档案宣传工作。

学校档案工作多次受到省级表彰，1989年获省档案局颁发的文书档案工作先进单位称号，1998年获省教育厅颁发的省高校档案工作先进集体称号，1995、2003、2013年各有1人获省教育厅和省档案局颁发的省模范档案工作者、省优秀档案工作者、省高校档案工作者先进个人称号，2003年以来连续三年通过江苏省档案局的年检并被评为优秀单位，2007年被江苏省妇联授予“巾帼文明岗”称号，2014年继续当选江苏省高校档案研究会理事单位。